Prime Target, büyük bir atılımın eşiğinde olan parlak genç bir matematik lisansüstü öğrencisi olan Edward Brooks'un hikayesini konu ediyor. Asal sayılarda bir düzen bulmayı başarırsa, dünyadaki her bilgisayarın anahtarını elinde tutacaktır. Kısa süre sonra, görünmeyen bir düşmanın, daha doğmadan fikrini yok etmeye çalıştığını fark eder ve bu onu, matematikçilerin davranışlarını izlemek ve raporlamakla görevli bir kadın NSA ajanı olan Taylah Sanders'ın yörüngesine atar. Birlikte, Edward'ın kalbinde yer alan rahatsız edici komployu çözmeye başlarlar.