Gün Ortasında Karanlık, çocuğunu kaybetmenin tarifsiz acısıyla yüzleşen bir annenin hikayesini konu ediyor. Kocasını bir trafik kazasında kaybeden Güzin, fiziksel ve zihinsel engelli oğlu Sedat ile hayata tutunmaya çalışır. Oğluna bakacak bir yardımcı bulmak için çabalasa da, başvurduğu herkes Sedat’ın durumu nedeniyle işi kabul etmez. Çaresizlik içinde Güzin, işe giderken oğlunu odasına kilitleyerek evde yalnız bırakmaya başlar. Bir gün hastaneden gelen acil çağrı üzerine apar topar evden çıkar ve kapıyı kilitlemeyi unutur. Eve döndüğünde ise hayatı geri dönülmez biçimde değişir: Sedat’ın cansız bedeniyle karşılaşır. Resmi soruşturmalar, ölümün ihmal sonucu gerçekleştiğini ortaya koyar ve Güzin suçlu ilan edilir. Ancak Güzin bu kararı kabullenmez. Oğlunun ölümünün ardında başka bir gerçek olduğuna inanır ve kendi soruşturmasını başlatır.