Emekli olduktan sonra eşi ve beş çocuğuyla birlikte İstanbul’a taşınan Ali Rıza Bey, ailesini dürüstlük ve ahlak üzerine kurulu bir yaşam anlayışıyla ayakta tutmaya çalışır. Geçimini sağlamak için eski öğrencisi Muzaffer Bey’in yanında çalışmaya başlayan Ali Rıza Bey, iş yerinde tanık olduğu ahlaki yozlaşma ve uygunsuz ilişki karşısında vicdanıyla baş başa kalır. İnandığı değerlerden ödün vermemek adına istifa etmesi, ailenin ekonomik dengesini sarsan ilk kırılma noktası olur. Ailenin geçim yükü zamanla çocukların omuzlarına binerken, özellikle oğlu Şevket’in işe başlamasıyla Ali Rıza Bey evde daha fazla vakit geçirmeye başlar. Ancak eve maddi katkı sağlayamaması, baba otoritesinin ve saygınlığının çocuklarının gözünde yavaş yavaş erimesine neden olur. Büyük şehrin sunduğu imkânlar, arzular ve ahlaki sınırların belirsizleşmesi, çocukların her birini farklı yönlere savurur. Film, Ali Rıza Bey’in çocuklarını kaybedişini fiziksel bir ölümden ziyade, manevi bir kopuş olarak ele alır. Bir zamanlar birbirine sıkı sıkıya bağlı olan aile, yoksulluk, yozlaşma ve bireysel çıkarlar karşısında birer birer dağılır. Yaprak Dökümü, değişen toplum yapısı içinde ayakta kalmaya çalışan bir ailenin çözülüşünü, kuşak çatışması ve ahlaki değerler ekseninde ele alan güçlü bir aile dramıdır.