Pokemon alemindeki bir bilim insanı ekibi, çeşitli genlerin birleşimiyle bu güne kadar yaratılmış en değerli pokemonu yaratmak üzere çabalamaktadırlar. Bu projeyi gerçekleştirmek üzerine bilinen en güçlü pokemon olan Mew'in DNA'larından bir örnek alırlar. Ortaya çıkan pokemonun adı Mewtwo olacaktır. Mewtwo'nun gücü ise, bilim insanları dahil, kimse tarafından kontrol edilemeyecektir. Ash, Misty ve Brock ise, bu ürkütücü pokemonla beklenmedik bir tanışma için, bir partiye gideceklerdir.
