Hayvanlar tarafından sevgiyle büyütülen, minyatür bir insan kızı olan Emma, gerçek kökenlerini öğrenme arzusuyla yaşadığı ormanı geride bırakır. Nereden geldiğini, kim olduğunu ve onun gibi başka insanların olup olmadığını öğrenmek istemektedir. Bu macerada ona bilge kaplumbağa Newton ve sıra dışı icatlarıyla tanınan kurt Edward eşlik eder.
Yolculukları sırasında, efsanelerde adı geçen, yalnızca parmak çocukların yaşadığı gizli bir adayı keşfederler. Ancak Emma, hayalini kurduğu masalsı karşılaşmadan çok daha karmaşık bir gerçekle yüzleşir. Bu gizemli adada, geçmişine dair cevaplar kadar tehlikeler ve çelişkiler de onu beklemektedir.