Matrix Resurrections ile ilgili teorilere geçmeden önce, devam filmlerini kısaca hatırlamakta fayda var. Her ne kadar Matrix Resurrections'ın resmi özetinde filmin "yalnızca ilk Matrix filminde geçen olayların devamı" olacağı söylense de Matrix Reloaded ve Matrix Revolutions'ı hatırlamak, bahsedeceğimiz teoriler için önemli.
Serinin ikinci filmi Matrix Reloaded'da, dünyanın merkezine yakın bir yerde kurulan son insan şehri Zion'u yok etmek için ahtapot benzeri devasa makineler (Sentineller) gelirken; Neo, Trinity ve Morpheus, insanlığın köleleştiren makinelere karşı savaşmaya devam ederler. Kahin'in, Matrix'teki bir program olduğunu öğrenen Neo, ona güvenip güvenemeyeceğini sorgular ve sonuçta kendisini Matrix'in kaynağına yönlendiren Kahin'in yolunu seçtiğinde, Matrix'i yaratan ana program Mimar (Architect / Helmut Bakaitis) ile tanışır.
Mimar, Neo'ya, seçilmiş kişinin Matrix'in programlanmasında yer alan yerleşik bir döngünün parçası olduğunu söyler ve Neo'dan önce beş tane daha seçilmiş kişi olduğunu anlatır. Daha önceki Matrix'lerde de Neo gibi seçilmiş bir kişi ortaya çıkmış ve farkında olarak ya da olmayarak, mimar tarafından kendisine sunulan iki seçenekten birini seçmek durumunda kalmıştır: Taşıdığı kodu ana programa girerek Matrix'i yeniden başlatmak ve yeni Zion'u inşa edecek bir avuç insanı seçmek ya da bunu reddedip hem Matrix'e bağlı insanları hem de Zion'daki insanları yok etmek.
Neo, kendinden öncekilerden farklı olarak, bir seçim yapmak yerine, Trinity'nin yardımına koşar ve onu ölümden döndürür. Bu sırada gerçek dünyada ise, gemileri Nebukadnezar saldırıya uğrar ve Neo, telekinetik güçlerini ilk defa Matrix dışında, gerçek dünyada da kullanarak peşlerinden gelen sentinelleri işlevsiz bırakır.
