Bir önceki filmin sonunda sentinelleri durduran Neo, bu eylemin sonucunda komaya girer. Matrix Revolutions'ın başında Neo hala bilinçsizdir. Bu sırada Zion'daki insanlar, makinelere karşı son bir direniş için umutsuzca ayaklanır. Matrix'te ise, bir virüs haline gelen Ajan Smith kendisini sonsuza kadar kopyalayarak bütün Matrix'i ele geçirir, ayrıca kendisini Bane (Ian Bliss) adındaki bir kişiye aktararak gerçek dünyaya da çıkmayı da başarır.
Gerçek dünyada Neo'nun kör kalmasına ve Bane/Smith'in ölmesine yol açan bir çatışmanın ardından, Neo ve Trinity, makinelerin başı olan "Deus Ex Machina" ile konuşmak için Makine Şehri'ne giderler. Kör olmasına rağmen bir şekilde görebilen Neo, onları daha önce hiçbir insanın giremediği Makine Şehri'ne ulaştırmayı başarır. Ancak oraya vardıklarında geçirdikleri bir kaza nedeniyle Trinity ölür.
Yalnız kalan Neo, Deus Ex Machina'ya, Ajan Smith'in yalnızca Matrix için değil, gerçek dünya için de bir tehdit haline geldiğini anlatarak bir anlaşma önerir: Neo, kendisini yok etme pahasına Ajan Smith'i yok edecek, bunun karşılığında da Zion serbest bırakılacaktır. Teklifini kabul eden makineler tarafından Matrix'e yüklenen Neo, hem kendisini hem de Ajan Smith'i yok eder.
Matrix'in yeniden başlatılır ve Ajan Smith'in yok ettiği programlar kendilerini restore ederek geri dönerler. Bunların içinde Kahin ve "amaçsız bir program" olduğu söylenen, küçük Hintli bir kız görünümüdeki Sati de vardır.
Yeniden başlatılan Matrix'te, Kahin ile konuşan Mimar, insanlar ve makineler arasında bir barış döneminin başladığını ve bundan sonra Matrix'ten ayrılmak isteyen olursa izin verileceğini söyler. Film, Kahin'in günün birinde Neo'yu yeniden görmeyi umduğunu söylemesi ve Sati'nin, Neo'nun şerefine yarattığı rengarek gün doğumu sahnesi ile biter.
Şimdi gelin, Matrix Resurrections ile ilgili teorilere geçelim!
