Metal Gear Solid hikayesinin başlangıcı Naked Snake ile 60'lı yıllara dayanıyor ve 70'li yıllarda Solid Snake'in doğumundan sonrasına doğru devam ediyor. II. Dünya savaşının ardından dünya ikiye ayrılır ve Soğuk Savaş başlar. 1964 yılında ise Naked Snake kod isimli gizli ajan, bir Rus bilim adamını ele geçirmek üzere Tselinoyarsk'a gönderilir. Bilim adamı, korkunç bir nükleer silah olan Shagohod üzerinde çalışıyordur. Olay yaşandıktan bir süre sonra Naked Snake silahı yok etmek ve Kobra birliğini yenmek üzere yeniden Tselinoyarsk'a gönderilecektir. Ayrıca nükleer silah destekçisi Sovyet sığınmacısı The Boss'u da öldürmesi gerekmektedir.
Bu konuya bakıldığı zaman bizleri oldukça politik bir filmin beklediğini söyleyebiliriz.
