Bir gizli servis olan FOXHOUND, Big Boss'ın kuruculuğunda çalışmalarını sürdürüyor. Tıpkı Marvel'ın S.H.I.E.L.D.'ına benzeyen FOXHOUND'da çalışan önemli karakterler bulunuyor. Bunlardan biri de Solid Snake'in ikiz kardeşi Liquid Snake. Karakter bir süre FOXHOUND'un liderliğini üstleniyor. Amerika'yı yöneten The Patriots ekibine karşı çıkan Shadow Moses Incident'ın başında da Liquid Snake bulunuyor. Liquid Snake'in Solid'e karşı bir kini bulunuyor ve onu hep yenmek istiyor. Yani pek dost canlısı bir karakter değil.
Metal Gear Solid'in hayranlarının favori karakterlerinden biri Revolver Ocelot olarak biliniyor. Silahlar konusunda adeta bir dahi olan Ocelot, kod adı Snake olan tüm karakterleri tanıyor. Ocelot, Naked Snake'in dostu; Liquid Snake'in sağ kolu; Venom Snake'in ise danışmanı olarak oyunlarda geçiyor. Kendisi üçlü oynayan bir ajan.
Sniper Wolf, II. Irak-Kürdistan Savaşı sırasında doğan Kürt bir FOXHOUND üyesi. Irak hükümetinden kaçarken Big Boss tarafından kurtarılan Sniper Wolf, bir gece uyandığında tüm ailesini öldürülmüş olarak buluyor. Genç kadın, politik dünyaya nefret besleyerek büyüyor.
Gray Fox, FOXHOUND'un ajanlarından biri. Bir çocuk asker olarak yetiştirilen Gray Fox, Fox kod adıyla operasyonlara katılıyor. Ayrıca başına gelenler nedeniyle Cyborg Ninja olarak da anılıyor. Ölümü de Liquid Snake'in ellerinde oluyor.
