Uzun süre pasaport beklemek zorunda kalan Paddington, nihayet bir pasaporta sahip olur. İlk yolculuk için nereye gitmesi gerektiğine karar vermekte zorlanan Paddington'ın, memleketinden aldığı bir mektup bu kararı kesinleştirir. Böylece kendisi ve Brown ailesi, Peru'ya gitmek üzere çantalarını toplar.
Peru'ya vardıklarında ise, grup büyük bir şokla karşılaşır: Paddington'ın Teyzesi Lucy'den hiçbir iz yoktur. Ancak bir ipucu vardır: Eski bir haritada gizlenmiş bir mesaj bulurlar. Bu ipucu, onlara Lucy Teyze'yi bulmak için ipuçları sunar. Paddington ve Brown ailesi, ormanın derinliklerinden başlayarak, And Dağları'nın zirvelerine kadar büyük bir maceraya atılırlar.